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一、科屬區別
1、草魚：草魚是動物界、脊索動物門、脊椎動物亞門、輻鰭魚綱、新鰭亞綱、鯉魚目、鯉亞目、鯉科、雅羅魚亞科、草魚屬于淡水魚類。
2、鯉魚：鯉魚是動物界、脊索動物門、脊椎動物亞門、硬骨魚綱、輻鰭亞綱、鯉形目、鯉亞目、鯉科、鯉魚屬淡水魚類。
二、形態差異
1、草魚：草魚呈圓筒形，頭部稍平，尾部側平，口弧形，無須，上頜略長于下頜，吻非常短，體淺茶黃色，背部青灰，腹部灰白，胸、腹鰭有點灰黃，其他各鰭淺灰色，體長，腹部無棱，頭部平扁，背鰭和臀鰭均無硬刺，背鰭和腹鰭相對。
2、鯉魚：鯉魚身體側平腹圓，口呈馬蹄形，須2對，鱗有十字紋，死后鱗不反白，有從頭到尾的脅鱗一道，不論魚的大小都有36鱗，每鱗上都有黑點，背鰭基部長，背鰭和臀鰭都有一根粗帶鋸齒的硬棘，身體側金黃色，尾鰭下葉橙紅色。
三、食性差異
1、草魚：草魚是典型的草食性魚類，魚苗階段攝食浮游動物，幼魚期兼食昆蟲、蚯蚓、藻類和浮萍等，體長約10厘米以上時完全攝食水生高等植物，其中禾本科植物多。
2、鯉魚：鯉魚屬于底棲雜食性魚類，肉菜兼食，食譜廣泛，如軟體動物、高等水生植物碎片、底棲動物、細藻類或人工合成餌料都吃，自然條件下食物偏向動物性食物。
四、習性區別
1、草魚：草魚生活在河流、湖泊等水域中、下層和近岸的多水草區域，具有河流和湖泊的洄游習慣性，性成熟的個體在河流、水庫等流水中產卵，產卵后的親魚和幼魚進入支流和通過河流和湖泊，通常在被水淹沒的淺灘草域和泛水區域及干支附屬水體（湖、小河、港道等水草叢生地帶）攝食育肥。
2、鯉魚：鯉魚是底棲魚類，多單獨或小群生活在平靜、水草叢生的泥底的池塘、湖泊、河流中，鯉魚的活動區域不變。季節的變化、水溫的冷溫、風向、氣壓的高低、朔望更替、水質的清濁、水流的大小、水位的漲落、水體溶氧環境等都會隨時改變其活動區域。
五、覓食區別
1、草魚：草魚適應能力強，可在0~38℃的溫度范圍內生存，但要求水質清瘦，食欲與水溫和水質有關，水溫在25~30℃時攝食量最大，日攝食量達到體重的40%，水溫在20度以下時攝食量明顯下降，水溫在5度以下時停止攝食。
2、鯉魚：鯉魚是低等變溫動物，不需要消耗能量來維持恒定體溫，攝食總量不大，同時因屬于無胃魚種，腸道短，新陳代謝速度快，所以少吃勤食，鯉魚的消化功能與水溫有很大關系，20℃左右食欲z旺盛，水溫低于10℃活動量大大下降，水溫低于2℃時基本不覓食。
六、營養價值區別
草魚：不飽和脂肪酸含量豐富，可以讓血液循環速度變得更快，對于心血管疾病患者來說適當的吃一些就非常適合，草魚里面的硒元素含量非常高，適當的吃一些能達到美容養顏作用，抵抗衰老的效果也非常強，當出現食欲下降，身體弱等問題，吃草魚能達到滋補身體作用。
鯉魚：含有蛋白質，礦物質，維生素以及氨基酸，適當的吃一些能達到促進乳汁分泌，消水腫作用，效果非常強，里面含有不飽和脂肪酸，可以讓膽固醇被有效的消除，預防冠心病以及動脈硬化，鯉魚還可以入藥，藥用價值非常高，對心血管疾病水腫患者來說還是很適合的。
